據調查，CRM實施過程中，組織挑戰帶來的阻力，已經成為關注的焦點。
內部組織方面的挑戰
CRM解決方案在選定、建設和實施工作中需要涉及大量人員。這就會帶來兩大組織性問題：怎樣明確各項任務的負責人;如何改變這么多人的行為方式。
應用方案各方面的責任分屬不同部門，常常很難集中整個企業的力量，協調一致地投入合適的人員，掃除瓶頸并做出有效的決策。CRM涉及到眾多相關利益方，會增大管理、銷售和業務分析人員行為變革的難度。銷售人員和管理者的掣肘很容易理解。前者很自然地會認為信息是單向流動的，得到好處的只是公司和企業而非自身。與之相反，管理者一般都會意識到CRM系統成功所能帶來的潛在效益，卻會擔心短期業績在CRM實施期間受到影響，從而殃及自身，也就不會全身心投入到系統實施或是修改一線員工評估標準上。
解決一線問題的方案
克服企業組織上的“路障”，不能用高壓手段，而要用巧勁。
建立“發出——接收”機制
一種看似簡單但卻十分有效的系統性機制會有助于企業克服困擾CRM工作的責任落實問題：在企業組織內部建立起模仿市場的機制，各方依次扮演買方和賣方的角色，或者說在這種場合下稱為“發出方”(即提交解決方案)和“接受方”(實施所提交的解決方案)。
發出方的作用在于界定符合業務需求目標的解決方案，估計方案實施需要的工作量大小，然后交付方案。接收方提出業務需求和可用性需求，然后和內部用戶溝通新系統能夠實現的目標、產生的影響，評估分析最終用戶需要進行什么樣的行為培訓，從哪些方面改變行為習慣才能充分發揮系統效益，并執行發出方所制定的系統培訓計劃。如果新系統需要在一線應用新技術，接收方還要準備對軟件進行本地化定制，并確保數據可以遷移到新系統。所有這一切都需要成本，接收方和發出方一樣，都要在做事前估計工作需要多少資金。由于雙方責任彼此交錯，發出新功能的一方將認識到，系統項目的成敗在于該功能對接收方的有用性，而對有用性最有發言權的莫過于負責本地實施上線工作的接收方人員。這樣雙方都會非常積極地協調彼此工作。
企業高管的有所作為
首先，只有CEO和業務單元領導(或他們的主管副手)才有權建立跨職能的“發出——接收”機制。其次，CRM工作組也需要有人為其搖旗吶喊，并指明前進的道路與方向。企業高層在這方面是最能發揮作用的。
提高CRM的可信度
即使是發出方和接收方作為團隊的工作結束后，他們也應該繼續說服內部用戶，贏得其認可。可以讓業績優良、具有號召力的銷售人員最先試用，他們的成功使用會為CRM贏得信譽，促進其在更大范圍內的普及。激勵也是一種很重要的強化措施。效果最好的CRM項目都會采取詳細的“儀表盤”式的管理，以跟蹤各種具體指標的變化，如銷售收入、銷售線索轉化率、系統使用率、客戶和用戶滿意度以及銷售利潤率等的變化。反映CRM價值創造情況的儀表盤指標，將匯總形成供企業管理者使用的高層面動態匯報。各地間橫向比較很重要，通過比較可以促進最佳做法的交流與推廣，調整對特定地區、特定人員的具體目標值和獎勵額。
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